A Apex-Brasil tem definida pela Lei 10.668/2003, pelo Decreto nº 4.584/2003 e por seu Estatuto Social a seguinte estrutura de Governança:

Conselho Deliberativo da Apex-Brasil (CDA) – Órgão colegiado presidido pelo Ministro de Estado do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços, com a missão de direcionamento e monitoramento estratégico da Agência, sendo integrado por 12 (doze) instituições, das quais 7 (sete) são representantes do Poder Executivo Federal e 5 (cinco) do setor privado. O CDA é responsável pela deliberação de assuntos diversos, a exemplo das políticas que regem a atuação da Apex-Brasil, planos de ação e peças orçamentárias anuais, em consonância com o Contrato de Gestão celebrado entre a Agência e o Poder Executivo, representado pelo Ministério do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços.

Conselho Fiscal da Apex-Brasil (CFA) – Instância máxima de fiscalização da Agência e assessoramento do CDA para assuntos de gestão contábil, patrimonial e financeira. É composto por 3 (três) conselheiros, sendo 2 (dois) representantes do Poder Executivo Federal e 1 (um) da sociedade civil. Conforme seu Regimento Interno, compõem o CFA representantes do Ministério do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços, dos Ministérios integrantes da CAMEX e do Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas.

Diretoria Executiva (DIREX) – Integra a estrutura de Governança da Apex-Brasil, formada pela Presidência, Diretoria de Negócios e Diretoria de Gestão Corporativa. O Presidente da Diretoria Executiva é indicado pelo Presidente da República, ao passo que os Diretores são indicados pelo Conselho Deliberativo da Apex-Brasil e nomeados pelo Presidente da Apex-Brasil.