O Conselho Deliberativo (CDA) é órgão superior de direção da ApexBrasil, composto por nove membros, sendo cinco representantes do Poder Executivo Federal e quatro representantes do setor privado. Os membros do CDA podem atuar por um período de dois anos, prorrogáveis uma única vez, por igual prazo.
As atribuições e funcionamento do CDA estão estabelecidos no Decreto nº 4.584/2003, no Estatuto Social da ApexBrasil e no Regimento Interno do Conselho.